Различия в политическом, социальном и культурном развитии Византии и стран Западной Европы не могли не сказаться и в религиозной области. Единство христианской церкви уже задолго до её окончательного разделения было лишь видимым. К общим причинам, которые привели к разделению церквей на западную и восточную, добавились и расхождения по религиозным вопросам. Таким в середине IX в. был спор о так называемом «filioque», т. е. о том, «исходит ли дух святой» только от «бога-отца» (положение, признаваемое восточной церковью) или от «бога-отца» и «бога-сына» (положение, признаваемое церковью на Западе). За этими богословскими спорами скрывались совершенно реальные церковно-политические разногласия и, в частности, столкновения из-за деятельности церковных миссий восточной церкви в IX— X вв., которые были в руках Византийской империи орудием распространения её влияния на соседние страны.

Деятельность византийских церковных миссий наталкивалась на сильное противодействие со стороны римской церкви, заинтересованной в расширении собственного влияния, и служила одной из причин для резких конфликтов между константинопольскими патриархами и римскими папами. Это была борьба за власть, за церковные доходы и политическое влияние.

Особенной остроты взаимоотношения между римским папой и константинопольским патриархом достигли в 60-х годах IX в. Созванный патриархом Фотием в Константинополе церковный собор восточных епископов (867 г.) предал анафеме (церковному проклятию) папу Николая I и объявил его вмешательство в дела восточной церкви незаконным. Хотя видимость мира между церквами была в конце IX в. восстановлена, однако расхождения между ними всё время углублялись.

В первой половине XI в. возник спор между константинопольским патриархом Михаилом Керулларием и римским папой Львом IX по вопросу о том, кому должно подчиняться духовенство Южной Италии. Этот спор и послужил поводом к окончательному разрыву между восточной и западной церквами. В 1054 г. папские послы возложили на алтарь Софийского собора в Константинополе грамоту с анафемой патриарху Михаилу, а церковный собор византийского духовенства, созванный императором по настоянию патриарха, объявил анафему римским послам. Это было внешним проявлением разрыва между западной и восточной церквами, после чего они открыто провозгласили свою полную независимость друг от друга.

Так окончательно оформились две самостоятельные христианские церкви — западная и восточная. Одним из основных отличий западной церкви от восточной являлось (кроме различия в некоторых обрядах, «таинствах» и богослужении) признание ею римского папы главой церкви. Как восточная, так и западная христианская церковь в равной мере претендовали на значение единой вселенской церкви — «католической» по западному произношению, «кафолической» — по восточному. Западную церковь стали называть римско-католической, а восточную — греко-кафолической; восточная церковь, кроме того, присвоила себе наименование «православной», т. е. правоверной.