По смерти Юлиана войско провозгласило императором Иовиана, православного. Он, заключив с персами мир и вернувшись в пределы империи, даровал Церкви покой. Иовиан возвратил святителя Афанасия в Александрию, в Антиохии же оказал особое уважение святителю Мелетию. К язычникам он относился снисходительно. В следующем, 364 году, Иовиан умер от удара или от отравы.

Войско провозгласило императором полководца Валериана, который держался православной веры, оказывал усердие к Церкви, но не стеснял язычников, запретив только приношение животных в жертву, магию, гадания, ночные и тайные обряды. Своим соправителем Валентин назначил своего брата Валента, которому предоставил Восточную часть империи. Валент сразу выявил себя сторонником ариан, предоставлял волную свободу еретикам, евреям и язычникам. Последние публично совершали свои обряды, восстановленные Юлианом и запрещенные Иовианом. Валент воздвиг гонение против Святителей Мелетия Антиохийского и Кирилла иерусалимского. Но христианство к тому времени было настолько сильно и все более распространялось, что Валентиан в указе от 368 г. назвал язычество religio paganorum, т. е. верою поселян. Валентиан скончался в 375 г. в Паннонии. Преемствовал ему сын Грациан, управлявший Галлией.

В 378 г. Валент выступил из Константинополе в поход против готов. На пути его остановил отшельник Исаакий и сказал: “Государь, перестань враждовать против Господа, и Он благословит путь твой.” Царь сначала не обратил на него внимания, но когда отшельник не отставал от него на второй и третий день, грозя гневом Божиим, говоря: “Ты не одолеешь врагов, а погибнешь,” то велел заключить его в тюрьму, намереваясь казнить по возвращении из похода. Вблизи Адрианополя Валент потерпел поражение, был ранен. Удалось ему с несколькими воинами укрыться в хижине. Враги настигли их, зажгли в пылу стычки хижину и царь сгорел. Наследника он не имел и власть в 378 году перешла к Грациану.

Грациан (375-383) сразу же объявил полную свободу православным и возвращение из ссылки пострадавших при Валенте за веру. Освобожден был преп. Исаакий, который основал в Константинополе обитель, названную потом Далматовой, по имени его преемника Далмата. В самом начале царствования он сложил с себя титул pontifex maximum, конфисковал имущества языческих храмов, отнял у жрецов и весталок привилегии и государственное жалование и т. д.

В 379 г. полководец Феодосий, победил готов, признан был Грацианом императором Востока и Фракии. Он был христианином. В 380 г. Феодосием и от имени Грациана был издан указ в пользу православной веры. По прибытии в Константинополь он изгнал арианского епископа и возвратил все церкви православным. Феодосий торжественно ввел в соборный храм св. Софии Святителя Григория Богослова, православного архиепископа Константинополя, им очень почитавшегося. Феодосием был созван Константинопольский второй Вселенский Собор.

Император Грациан в 382 г. в Риме повелел вынести из сената языческую статую Победы. Сын его и преемник Валентиан 2-ой, находившийся под влиянием матери Юстины, потворствовал арианам, встретив в 386 г. решительное сопротивление святителя Амвросия, епископа Медиоланского. В отношении язычников Валентиан 2-ой был тверд и пал в 392 г. жертвой их заговора.

Император Феодосий, победив поставленного после него языческой партией Евгения, вступил в 394 г. в Рим самодержавным царем Востока и Запада. Язычеству нанесен был им уничтожающий удар. В 395 г. Феодосий умер в Милане. Империю свою он разделил между сыновьями. Старший Аркадий (395-408) наследовал восточную половину, младший Гонорий (395-423) — западную. Они оба продолжали уничтожение язычества. Гонорий приказал разрушать все, оставшиеся еще храмы и удалил язычников с государственных должностей. На востоке, по указанию Аркадия, монахи-миссионеры обходили провинции и обращали оставшихся там язычников.

Сын Аркадия, восточный император Феодосий 2-ой (408-450) издал в 425 г. закон об уничтожении языческих храмов, если таковые еще существуют. Только в Афинах, в среде неоплатонической школы, держалось еще язычество.

Имп. Юстиниан 1-ый (527-566) велел в 529 г. закрыть последние языческие школы в Афинах и всех оставшихся язычников с женами и детьми крестить, наставив предварительно в истинах веры. Последние представители язычества, философы, числом семь, удалились в Персию. Из остальных язычников патриций Фотий, уличенный в злом умысле против императора, казнен, другие лишены имений. Только в горных ущельях горы Тайгета, вблизи Спарты, между горами удержалось поклонение Зевсу даже до половины 9-го века (Еп. Арсений).

На западе язычество держалось крепче, чем на востоке. Нападение варваров на Италию поддерживало надежды языческой партии. Римские сенаторы из языческих фамилий высказывали открыто, что все несчастья постигают империю за оставление религии отцов. В 476 г. Западная империя пала под оружием варваров, но язычество не было восстановлено, и христианская Церковь оставалась непоколебимой. Остготский король Теодорих, в конце 5-го века овладевший Италией, издал даже закон, которым, под угрозой смерти, запрещалось идолослужение. Следы язычества на западе сохранились до конца 6-го столетия, именно на итальянских островах.