В 1764 г. на константинопольский престол вступил патр. Самуил 1-ый. Он принадлежал к одной из знатных и богатых фанариотских фамилий. Он отличался умом, образованием, строгостью жизни, твердостью характера, а также административными способностями. К его времени патриархия находилась в печальном положении. Поставление и низложение патриархов всецело зависело от корыстолюбивого правительства, продолжалось искательство престола, управление было беспорядочное, долги чрезмерные. Самуил установил, чтобы в патриаршем синоде непременными и постоянными членами были восемь старейших архиереев, епархии которых находились около Константинополя. Кроме того, в состав Синода были введены четыре мирянина (архонты) из знатных греков и купцов, а также чин патриаршего двора, великий логофет, который при турках получил важное значение, т.е. только через него патриарх сносился с правительством. Синод должен был ведать всеми делами патриархии, в частности финансовыми, а также избранием и низложением патриархов. Только при наличии формального представление Синода правительство могло низложить или утвердить патриарха. Чтобы патриарх без Синода, а последний без патриарха не могли постановлять решений, Самуил завел патриаршую печать, ставившуюся на все акты. Печать была разделена на четыре части, которые хранились у четырех старейших архиереев. У патриарха оставался средний столбик или ключ печати. Архиереи, хранившие части печати должны были постоянно находиться в Константинополе, и патриарх не имел права высылать их в епархии. Установлено было, что расходы, потребные при избрании патриарха, не должны были превышать 40 000 пиастров (2000 руб). Султан Мустафа 3-ий утвердил все эти постановления Самуила. Этим правительство само отказалось от произвольного распоряжения престолом патриархов и громадных поборов. Искательство престола также должно было прекратиться и управление улучшиться. Но, к сожалению, на самом деле реформы патр. Самуила не произвели существенных перемен в жизни Церкви. Патр. Самуил постарался также погасить долги патриархии. К погашению их он пригласил епархиальных архиереев, которые при вступлении на кафедру давали письменные обязательства в уплате известной части долгов, а до уплаты вносить проценты.

Патр. Самуил стремился осуществить главенство константинопольской патриархии над другими восточными самостоятельными церквами. Его предшественники тоже стремились к этому. Это вызывалось особым положением константинопольского патриарха у турок, предоставивших ему и гражданские права. В 1766 г. Самуил со своим Синодом избрал и рукоположил патриархов Антиохийского и Александрийского, без сношения с этими Церквами. Впрочем, к подчинению этих Церквей такое распоряжение не повиляло. Заручившись распоряжением турецкого правительства, Самуил подчинил в 1767 г. автокефальную сербскую Ипекскую архиепископию и в 1767 г. — Охридскую в Болгарии. Патриарх Самуил был ревностным борцом против латинян (в 1766 г. на о-ве Хиосе) и покровителем духовного просвещения.

В 1768 г. Самуил был низложен Синодом, в силу власти, предоставленной ему самим патриархом. Главной причиной низложения была выставлена его излишняя строгость. В 1772 г. он во второй раз занял престол, но через год опять был низложен, как человек тяжелый и слишком строгий. Удалившись на о-в Халки, патр. Самуил прожил там до самой своей кончины в 1780 г.