Иерусалимская Церковь во главе с апостолами, будучи сосредоточием того места, откуда началось христианство, подвергалась особенному преследованию со стороны иудейских властей. Они видели, что простой народ, верования которого в обетованного Мессию были извращены книжниками и фарисеями, внимал проповеди апостолов и присоединялся к христианской Церкви. Только Римские правители сдерживали религиозный фанатизм иудейской власти. Римские императоры, расширив с 37 года права Ирода Агриппы, внука Ирода Великого, дали ему возможность в целях популярности в среде воинствующих иудеев, начать гонения на христиан. Жертвой этого гонения пал св. ап. Иаков Зеведеев. Та же участь готовилась ап. Петру, но ангел Божий вывел его ночью из темницы.

Иудея после Ирода Агриппы была снова провозглашена Римской провинцией и управлялась прокураторами. Иудейские власти потеряли свое значение в деле управления, и прокураторы сдерживали преследования христиан. В 58 году иудейские власти напали на святого апостола Павла и хотели его убить. Но правитель Фест исполнил просьбу ап. Павла отправить его в Рим, как Римского гражданина, на суд кесаря. В 62 году, пока не прибыл преемник умершего Феста, первосвященник Анан Младший, присвоивший себе верховную власть, приказал побить камнями святого апостола Иакова Праведного.

С 67 г. по 70 г. происходило восстание иудеев против римлян. В 70 году при имп. Веспасиане Иерусалим был взят римлянами и разрушен. Погибло множество иудеев, главным образом, от голода и междоусобиц. Многие были рассеяны по другим странам или отведены в рабство. Христиане еще до осады ушли из Иерусалима в Сирийский город Пеллу. Иудеи возненавидели их еще больше, именуя изменниками, но по разрушении Иерусалима не могли сильно вредить им.

Вне Палестины иудеи рассеяния сначала относились к христианам терпимо и ап. Павел обращал в языческих странах многих иудеев в христианство. Затем против него восстали начальники синагог. Апостолы Павел и Варнава под давлением последних должны были покинуть Антиохию Писидийскую, Иконию, Листру и Дервию. Противодействие встретил ап. Павел и в Солуни, в Верии, в Киринее, После разрушения храма в Иерусалиме много иудеев появилось в Римских областях. Иудеи доносили правительству на христиан, как на людей вредных для общественного блага, и содействовали в отыскании их.