Папа Гонорий был первым папой, впавшим в ересь. Он был единомысленником с Константинопольским патриархом Сергием монофелитом. Сохранилось два послания Гонория Сергию монофелитического характера.

Именно как монофелит Гонорий был осужден на VI Вселенском соборе, который проходил при участии легатов папы (Льва II, так как Гонорий уже к тому времени умер). Решения собора папами всегда признавались, и на протяжении веков наряду с другими еретиками Римские епископы анафематствовали также и Гонория. На соборе 869 г. (Малый Софийский

собор, против Фотия) тоже был анафематствован Гонорий. И это признание осуждения Гонория Римскими епископами очень существенно.

Позже уже появились попытки оправдания Гонория: дескать, осужден не папа Гонорий, а его послания, которые имели интимный характер (частная переписка). Но, на самом деле, это были официальные послания, касающиеся текущих дел Церкви.

Сейчас даже говорят, что Гонорий внутри был не еретик, а внешне выражался так, что навлек на себя осуждение епископов. Современные католики говорят, что научно невозможно доказать еретичество Гонория. Ведь примат папы и непогрешимость его – предмет веры, догмат у католиков; и они верят, что Гонорий как папа был внутренне непогрешим.